La guerra aún esta bastante lejos de tener fin. Nivana y su tripulación se encuentra mas cerca al planeta natal. En el camino encuentran a una mujer dentro de una capsula, su nombre Misty. Ella significará el nacimiento de un nuevo Vandread. En esta temporada la trama del Second Stage de Vandread se torna bastante más oscura y dramática, aún sin perder todo el tono humorístico que tuvo la primer serie.